Le fonti pubbliche nazionali sono il Ministero della Salute, l’ISS (Istituto Superiore di Sanità), la Regione Lombardia, la Fondazione IME - Istituto Mediterraneo di Ematologia; quelle internazionali sono l’Unione Europea, l’NIH (National Institutes of Health) ed altre minori (WHO, AICR, ecc.).
Le fonti private nazionali sono la Fondazione Telethon, la Fondazione Cariplo, l’AIRC - Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro, la Compagnia di San Paolo, la FISM - Fondazione Italiana Sclerosi Multipla e tra quelle internazionali i principali enti finanziatori sono il Cancer Research Institute e la JDRF (Juvenile Diabetes Research Foundation). Fra le fonti private è inoltre doveroso citare le donazioni che giungono all’Istituto  attraverso varie modalità di raccolta (5 per mille, erogazioni liberali, ecc.).